中通最突出的是对加盟网点的把控。
根据中通官网显示，2010年，中通在加盟制的基础上启动“全网一体化”发展战略，率先对全网进行股份制改革，从多个利益主体向共同利益主体转变。这意味着更多的员工能分享上市的红利，明显区别于其他快递企业。
此次招股说明书首次曝光了中通的“员工持股计划”：中通根据受激励员工职位、服务年限、工作绩效等因素，一次性授予公司股份认购权，共预留360万股，员工认购股份价格估值人民币100亿元，总股本6亿股计算，即每股人民币16.67元。
持股名单显示，目前共有103人持股，除了赖梅松、赖建法和王吉雷等高管外，还有华南、华北管理中心管理人员以及天津长沙成都武汉等重点城市的总经理，同时还有少部分的片区专员以及一线员工。
中通快递董事长赖梅松在接受界面新闻记者采访时表示，“一开始，比如你去做广东，你去做北京，但逐渐出现了中央不集权、政令不畅通的问题，上面开大会，下面开小会。因此我们走全网一体化道路，现在99%以上的转运中心控制在集团公司手中。”
“三通一达”初期运用加盟模式实现急速扩张，但同时也加剧了行业管理混乱及恶性竞争的局面，所以加强对核心城市转运中心的管控变得势在必行。
所以，在股份制改革之后，中通自2014年开始公司对加盟商进行直营改革，于2014及2015年收购8个、16个加盟商，回收大部分转运中心及运输干线。直营化使得转运环节更加通畅、时效更高、成本更优化，也利于保证服务质量。
截至2016年6月末，公司共有分拣中心74个，其中68个为直营，转运中心直营率为92%。
目前“三通一达”的运营模式基本架构都是分为总部、转运中心、配送网点三层，总部负责体系搭建和规则制定，转运中心是中转枢纽，网点负责“最后一公里”配送。
